После побега из Афганистана, Мактавиш, Прайс и Николай попытаются залечь на дно в индийском городе Дхарамсала, однако люди Макарова обнаружат их убежище. В этом эпизоде игроки будут управлять еще одним «хорошим русским» по имени Юрий.
Затем действие перенесется в Манхэттен, атакованный российской армией. Главными героями этого уровня станут два новых персонажа — бойцы отряда «Дельта» с позывными Фрост и Сэндмен. Им предстоит уничтожить «глушилку» на крыше Нью-Йоркской фондовой биржи, чтобы американцы могли нанести ответный удар. После этого «Дельта» покинет город на вертолетах Blackhawk. Сбив несколько вражеских «птичек», спецназовцы высадятся на подводную лодку и проведут на ней диверсию.
Следующий герой Modern Warfare 3 — агент службы безопасности президента России. Спустя полгода после штурма Нью-Йорка, российский лидер полетит в США, чтобы заключить перемирие. Прямо в воздухе самолет атакуют террористы. Они смогут захватить президента, однако его дочь сумеет улизнуть. Получив коды запуска ядерных ракет, Макаров сорвет мирные переговоры.
Тем временем Прайс, Мактавиш и Юрий отправятся в Африку, где узнают от торговца оружием из ЮАР, что Макаров хочет купить отравляющие вещества у повстанцев в Сьерра-Леоне. Предотвратить поставку смертоносного груза также попытаются бойцы SAS, которые будут сражаться с террористами в лондонских доках и метро. Увы, все их усилия не увенчаются успехом. Начиненные ядом грузовики взорвутся прямо перед зданием Парламента. Схожие теракты в других европейских столицах унесут десятки тысяч жизней, после чего в Старый Свет хлынет стальная лавина русских танков.
Поняв, что торговец оружием обманул их, Прайс отыщет его в Сомали. В ходе допроса злодей признается, что помощник Макарова по прозвищу Волк скрывается в парижских катакомбах. В роли американского танкиста игроки будут сдерживать наступление русских под Гамбургом, после чего попадут в Париж, где французский спецназ, «Дельта» и отряд Прайса устроят охоту на Волка. Наземную операцию нужно будет прикрыть огнем с борта AC-130.
Кольцо вокруг Макарова начнет сжиматься, однако террорист успеет преподнести пару неприятных сюрпризов. Сначала он улизнет из засады, которую Юрий и Прайс устроят в Праге. Затем — похитит дочь русского президента в Берлине прямо из-под носа у Фроста. Когда спецназ освободит заложников в Кремле, лидер националистов вновь скроется.
Правосудие настигнет Макарова в Дубае, где Юрий, Прайс и Сэндмен пробьются к нему через хорошо укрепленный отель и наконец-то прикончат преступника. После финальных титров игроков ждет еще один эпизод в горящей столице Соединенных Штатов.